画面转回艾丝蒂尔这边，将调查报告交给离宫的希德之后带レン回到王都支部。众人一直在商讨工作，被冷落的レン觉得无聊就一个人跑出去玩了。发现レン不见了的艾丝蒂尔等人急忙上街去寻找。按顺序在东街区百货店（此时可以买到利贝尔通讯第5号）、历史资料馆（先上二层再下来就会发生剧情）、南街区钓公师团（需要调查鱼的拓印）、西街区咖啡店（与クニーガ对话可以得到赌博师jack5卷）、东街区冰淇淋店打听，最后得知レン在空港等着。在空港遇到送别穆拉的奥利维尔，之后レン出现。
回到协会门口，レン交给了艾丝蒂尔一封信，竟然是约修亚写来的（ED4的老套路……），于是艾丝蒂尔一个人赶往信中的约见地点格鲁纳门。在城墙上遇到了ケビン神父，他也是被一封信叫出来的（选择这是为了解决掉二人而设下的陷阱）。这时出现了和王都地下同样的人形兵器对两人进行攻击。打退它们之后回到王都，遇到了管家菲利普，得知公爵失踪了。和他一起来到支部，发现连艾南在内的众人都被催眠了，通信器也被破坏了。在楼上找到一封信，得知公爵和レン被抓走。此时阿加特和亚妮拉丝赶来。分析情况后亚妮拉丝去离宫通知军队，艾丝蒂尔三人去解救人质。
出门之后在基库的指引下赶往王都西边的港口。一进入港口就会遇到特务部队的战斗犬。消灭它们之后前进，在仓库前发生剧情，进入之后解决掉几个特务兵，得知新型导力引擎被抢走了一个。继续往港口深处走，遇到了凯诺娜和一帮特务兵挟持着公爵，而レン并不在这里。打倒特务兵之后（注意保存实力，因为接下来还有两场连续战斗，中间没有恢复和存盘机会），凯诺娜开着情报部设计的搭载新型引擎的战车出现。众人无法阻挡战车，只能跟在后面追。得知消息的尤莉亚上尉带着亲卫队员赶来试图阻止战车，但也完全不是对手。在无计可施的情况下神父使用戴尔蒙家的封印宝杖使战车上的福音停止工作，让战车的机能下降了不少。然后就是本章的BOSS战了，好在有尤莉亚的助阵，战车虽然hp和攻击力超高但攻击手段不多，坚持下来就是胜利。接下来凯诺娜会亲自上阵，她会不断设置定时炸弹，但只要不靠近炸弹就不会受到伤害。这一战并不算难对付。
打败凯诺娜之后レン出现并显露真实身份——执行者XV歼灭天使。接着她召唤来了巨大的坐骑，并在众人的眼前飞走（还好不是4连战……）。得知真相的艾丝蒂尔和提妲深受打击。本章结束。
支线任务：
消えた展示物：
怪盗任务。首先到历史资料馆从馆长那里接到任务，然后依次调查西街区摩尔根将军家2层的钟表、南街区入口前的白隼雕像、东街区共和国大使馆的人偶骑士第15卷、东街区的王立竞技场。注意在竞技场需要和魔兽战斗。胜利之后完成任务。
通缉魔兽省略
第4章 雾魔的标靶
本章开始操纵久违了的小约，进入空贼基地，目标是停泊在船舱的『山猫号』，首先要找到启动卡，进入后先到右边的房间里面和队长战斗，由于敌人会各种属性的攻击，而且一开始会用冰冻弹，一旦小约被冻住了就完了，所以先到右边的一间屋子里面找到防冻的首饰，然后战斗，注意保护NPC，由于真正可以操纵的只有一人，所以战斗还是比较艰难的。多用减AT的招数吧，比如真·绝影和魔眼吧。然后冲出基地，沿路多捡药品，最后的对手是穆拉，HP超过两万，战斗方法是降他的速度，增加我方的速度，然后就用真·双连击慢慢摆平吧。
回到了洛连特，在飞艇上就发现了洛连特四周环绕雾的怪异现象，去游击士协会，（这是到西口二楼里面民家和那个书虫对话可以得到《赌博师Jack6》也可以在后面的柏斯超市买到）接到任务要调查雾的范围，先回家看看，然后分别前往：南边的エリーズ街道，西边的ミルヒ街道和北边的マルガ山道，都只有一个地图那么远，调查完了之后回协会报告。
这时的支线任务有：空に消えた婚約指輪，到翡翠之塔顶部调查即可。
釣り場探訪：这是一个长期限任务，到本章结束才可以全部找到，得到最多的BP。有这几个地方：洛连特市的地下水路；下去就可以看到；自己家后面；ヴェルテ桥关所后面；ミルヒ街道上；エリーズ街道上和ミストヴァルト森林最深处。
然后就是两个通缉魔兽。
调查完雾的范围后回协会报告，这时出现了许多昏睡不醒的人，看样子似乎陷入了深层的梦境之中。然后就是调查线索，去市长家和市长夫人ミレーヌ对话，和酒店里面二楼艾丝蒂尔在主日学校的同学エリッサ对话；然后和靠近ミルヒ街道的房间二楼第一个房间里面的パット对话（这个孩子就是当年第一次游击士任务到翡翠之塔要保护的）；最后和工房后面民家二楼的フリオ对话；全部完成之后回协会报告。休息了一晚之后（其实是女性回艾丝蒂尔家睡觉，而男性守夜。
夜晚会有任务：迷い猫の搜索，前作的那个伊娜阿姨，猫又跑掉了……首先和飞艇坪的人对话，然后到工房里面和整备员对话，最后又回到飞艇坪，和进入后左边第二颗树子后面的人对话（难找），他是在飞艇里面看到了猫没错，但是看到的并非小麦色的猫……而是黑色的猫……进入飞艇调查，在最下层里面找到猫，任务完成。
第二天早晨先去里农杂货店买些巧克力吧，然后去旅馆二楼可以看到正在“爆睡（阿加特语）”的奥利维尔^o^）兵分两路，艾丝蒂尔她们去パーゼル农场，一到农场就听到铃声，战斗开始，这些雾魔回避有些高，用魔法攻击它们吧。大事不好，冲入房间，却发现艾丝蒂尔的同学全家都已经昏迷了，对此艾丝蒂尔懊悔不已。
出发之前新增的任务有两个通缉魔兽：ミルヒ街道的在通向帕赛尔农场路上的右边，翡翠之塔的魔兽在塔顶。
回协会报告后前往迷雾森林，通过中间那座桥会进入一个“奇门阵”（让人想起了幽城的沙漠幻阵）不过这个阵很简单，先随便跑跑，然后向铃声大的北方走就可以出阵，黑衣女子会让艾丝蒂尔进入回忆之中，在一楼卡西乌斯房间床旁边的茶几上找到钥匙，打开小约房间的门，拿到口琴，在二楼阳台上吹奏就可以醒来。boss战，两个大型雾魔，注意它们的混乱属性攻击。打完之后本章结束。
结束后新增任务：懐かしいのレシビ，先和酒店厨房的厨师对话，然后和柜台旁边的老爷爷对话，再和里农杂货铺二楼的老婆婆对话，然后和西口民家二楼里面房间的大叔对话，在里面的书架上找到料理书，里面所需的材料除了魔兽之骨都可以买到，凑齐后和厨师对话就可以完成任务。
デアセントの秘薬：（千杯不醉秘药）和灯台上的アントン对话，找到必要的食材就可以了，其中那个白鱼在エリーズ街道可以钓到，鱼饵用ミミズ或者タニシ。然后交给委托人，接下来就看好戏了^o^（如果奥利维尔不分一半去吃就好了）
鉱山の委任状：怪盗B任务，1.调查教会二楼的椅子。2.调查市长家后面的木箱。3.调查武器店后面的炉子。4.用钥匙打开下水道里面的门，战斗之后任务完成。
第5章 守るべきもの
本章开始，乘定期船来到柏斯。在支部得知现在并没有什么紧要的工作，于是众人接下了消灭通缉魔兽的任务。需要消灭的通缉魔兽共有三组，分别在古罗尼山顶（クローネ峠）、迷雾峡谷（霧降り峡谷）和琥珀之塔（琥珀の塔），按照任何顺序消灭它们都可以。此时可以在柏斯超市买到利贝尔通讯第7号和赌博师jack第6卷。在古罗尼山顶关所与士兵マイキー对话可以得到赌博师jack第7卷。
三组通缉魔兽都不难对付，而且在战斗中会发现它们经常会自己受到损伤，甚至会混乱。消灭掉它们之后众人分析这可能与结社的实验有关，此处选择项：怯えている。然后回到柏斯支部报告。
此时柏斯超市突然受到了古代龙的袭击，不用说又是结社干的好事，而且这次操纵龙的正是原特务部队洛伦斯少尉，执行者2号剑帝莱维。莱维驾龙离去之后阿加特一个人去追踪，其余的人连忙对超市里面人展开救援。此处选择项：役割分担。超市内一片狼藉，梅贝尔市长的女佣莉拉也为了救市长而受了重伤。
救援工作告一段落之后拉文努村又传来消息，村子的果树园也遭到了龙的袭击。来到拉文努村，在已经烧得焦黑的果树园找到了村长。得知阿加特只身赶往废坑，众人立刻前往支援。赶到废坑时阿加特与莱维正在激战，阿加特终究不是莱维的对手，不仅身负重伤，重剑也被打断。就在千钧一发之际摩尔根将军率领王国军赶到。莱维离开之后众人将受伤的阿加特抬回拉文努村阿加特自己的家。此时会得知很多关于10年前战争的事情。
看望阿加特之后回到柏斯。因为超市被破坏了，开店的人们都转移到了旅馆避难，在旅馆中就可以向他们购买东西（难道商品都随身携带着……！？）此时可以买到利贝尔通讯特别号。受将军之邀众人可以作为观察员的身份参加即将进行的捕获龙大作战。来到空港乘上埃尔塞尤号。
在埃尔塞尤号上和每个人对话，然后就会发现目标。按照将军的作战计划顺利地将龙麻醉，本以为作战到此结束，谁知由于福音的作用龙又醒了过来并且逃离了追踪。在无计可施的情况下将军终于同意让艾丝蒂尔一行人到迷雾峡谷寻找龙的所在。阿加特将拉塞尔博士刚发明的装置安装在重剑上，打算用它破坏福音外部的保护层，让龙摆脱福音的控制。
做好万全准备之后来到迷雾峡谷，首先到东边的山间小屋拜访ウェムラー大叔。在他的指引下众人在迷雾峡谷的最西边找到了前往古龙住处的路。这个迷宫不是很复杂，途中会发生用基库向埃尔塞尤号传送消息的剧情。比一般的洞口要宽阔一些的洞口就是古龙所在了，进去之前要先把宝箱都拿到。然后就是本章的boss战，与古龙レグナート对决。龙会不断变换位置（降落的同时会对周围的人造成伤害），并且会吹风把全员强制推到战场一边。只要保持耐心注意回复，此战并不是很难打。其实说起来很简单，因为龙的攻击方式单一，没有什么强力的攻击方式，所以只要我方加了攻击力后上去连锁战技就可以解决了。战斗结束之后阿加特会将福音破坏。摆脱控制的龙为了感谢大家和为给柏斯带来的灾难道歉，拿出了两块很大的金耀石（可惜得捐给柏斯市和拉文努村，并不能拿走……好在还有委托费）。本章结束。
支线任务：
帝国大使館の依頼：（期限：出发消灭通缉魔兽～待调查）
又是怪盗任务，先到旅馆与ダヴィル大使见面，然后依次调查工房后面的花、支部3层桌上打开的书、空港装载集装箱的运输车、礼拜堂二楼的祭坛，就可以找到目标勋章。
珍味の?#123;達：（期限：出发消灭通缉魔兽～待调查）
收集齐5个魔兽之骨、5个魔兽之角、5个魔兽之牙、10个魔兽之鸟肉、10个魔兽之鸟卵、10个魔兽之眼珠（目玉）交给安特洛丝餐厅的グルナ就可以了。
消えたお嬢様：（期限：出发消灭通缉魔兽～待调查）
首先与安特洛丝餐厅穿校服的レイナ对话接下任务，然后到古罗尼关所找到フラッセ（选择项：臆病者）。之后会自动回到柏斯，所以可以与古罗尼山顶的通缉魔兽任务一起完成。
商人の護衛：（期限：第6章开始～到湖畔川蝉亭）
首先到南街区民家与ミラノ对话，准备好之后在柏斯西口找到ミラノ，然后将她护送到拉文努村就可以了。途中如果没有遭遇战斗的话可以得到奖励的报酬。
遠い日の記憶：（期限：第6章开始～到湖畔川蝉亭）
首先到酒馆和コルナ对话接下任务，并得到レーニの写真，然后到市长宅邸对梅贝尔市长使用，再到隔壁对莉拉使用，然后返回和市长对话即可完成任务。此任务和莉拉的过去有关，剧情值得一看。
通缉魔兽省略
第6章 绊之所在
先去湖畔的『川蝉亭』休息，然后到当年约修亚为艾丝蒂尔吹奏的地方，剧情发生。
一行人潜入湖中的研究设施，在一楼战胜Boss得到赤のカードキー，可以打开红色标记的门，在二楼战胜boss得到緑のカードキー，可以打开绿色标记的门，最后战胜boss后得到青のカードキー这样就可以进入最后的房间里面了，敌人是3个约修亚人偶，非常强劲，带上防止一击战斗不能的首饰，注意要逐个击破，不然三个一起漆黑之牙我方就完了。
战胜之后艾丝蒂尔被结社带走，来到了『方舟』之上，先在玲的带领下去见教授，然后会房间剑帝会讲起当年哈梅尔的惨剧，非常精彩。然后艾丝蒂尔逃出，注意用左右的通道，中间那些突起的电柱是没法通过的，然后从前部来到后部要过空中的舰身，这时当年戴尔蒙市长秘书又出来捣乱，艾丝蒂尔一个对五个，这场战斗只要坚持就可以了，在艾丝蒂尔支撑不住关键时候。然后一起来到地下仓库，boss战之后就可以逃脱了，注意boss死后的强力自爆。降落在梅威海道的剧情精彩之极，感动ToT
本章结束。
第7章 四輪の塔
由于四轮之塔发生了变异，众人立刻乘埃尔塞尤号前往调查。因为奥利维尔有事回帝国去了，接下来的两章不能使用，所以可以事先把他的装备和结晶回路都卸下来。一开始可以在卖道具的地方购买到利贝尔通讯第9号。做好准备之后来到最下层的船舱，和菲对话乘导力梯降落到翡翠之塔。
在塔前遇到了一个士兵，从士兵处得知塔内的空间发生了变异。从塔入口的结界进入，来到了一个神秘的异空间。途中有不少传送点，在传送点有导力回复装置的就是boss所在了，进入之前一定要先把宝箱拿全，这里有很多好装备和结晶回路（以后几座塔同样）。在途中三角锥形状的装置前会发生剧情，得到数据结晶。同样在以后的每座塔中都会有4个这样的装置，一共16片数据结晶，都要拿到。
之后是四个执行者战斗，这四次战斗都可以用科洛斯的战技来降低他们的攻击力个防御力，然后艾丝蒂尔再用战技提升我方攻击力，打起来就轻松之极了。
在塔顶等着的是怪盗B。他会放出很多分身，对分身攻击是无效的，但分身也不会作出攻击，只会来回变换位置迷惑人。只要看敌人情报的经验值那一栏就可以分辨真假了。怪盗的S爆发技可以对单人造成巨大伤害，注意及时回复。此外他还会不断召唤人形兵器。此战难度不大。战斗之后塔恢复原样，怪盗离开。
接下来是红莲之塔，流程和翡翠之塔一样，不过异空间的地形稍微复杂一些。塔顶的boss是瘦狼，他的S爆发技是范围攻击，会造成气绝，事先要做好准备，他带的魔兽会一击必死攻击，带好首饰。战胜他之后会发生他和金单挑的剧情，之后雾香赶来阻止了两人的战斗。
下一个目的地是绀碧之塔。此时在埃尔塞尤号上和小猫安东尼（アントワーヌ）对话可以得到赌博师jack第10卷。绀碧之塔的内部完全是一条直线，可以不用担心迷路和错过宝箱，但是在每一个数据结晶的装置前都会遇到人形兵器的阻拦。塔顶boss为幻惑之铃，她会带两个雾魔，小心它们的混乱攻击。打败她之后会得知雪拉过去的一些事情。
最后的琥珀之塔内部基本上是对称的，有数据结晶那一层的两个传送点都可以到达下一层，走任何一个都可以。下层的两条岔路都可以通向终点，所以两边都要走一遍以收全所有宝箱。塔顶boss是歼灭天使レン，艾丝蒂尔并没能说服レン改变心意，于是战斗开始。此战难度很大，レン一开始必然会使用S爆发技，对我方全员造成巨大伤害，而且她的攻击是带有一击必杀性质的。周围的6个人形兵器的攻击则会使我方队员陷入不良状态，尤其是石化的几率极高，而且它们行动也很快，所以如果事先不让全员装备上防一击必杀和石化的道具，此战可以说是恶梦……战胜レン之后她会召唤来大型人形兵器，这就是本章最后一个boss了（连续战斗，中间不能休息和存档），如果上一战保存实力的话此战并不难打，基本打法和之前几章的大型人形兵器一样。
四座塔都恢复原样之后结社计划的第2阶段也完成了，怀斯曼教授解开了封印，瓦雷利亚湖上空出现了巨大的浮游都市，利贝尔全国发生了导力停止现象…………本章结束。
第8章 混乱的大地
本章开始，由于空之都市的出现，导力器变得无法使用，相当于现实世界中没有电一样。于是接下来的任务就是走遍利贝尔王国，把抗干扰的『零式导力器』交给卢安、蔡斯和洛连特三个支部，以保持信息的流通。在混乱的世界里面，及时的情报十分重要。沿路还要清理各种挡道的通缉魔兽，其中最强的当属トラット平原道上靠近ヴォルフ要塞的那几只加强版的地震虫了。这里简单说一下打法，打法无非分为两种，一种就是大家一起释放S战技，这是一般的考虑，但是如果全部释放战技还打不死呢？其实这些虫有个特点，就是如果不被攻击，就不会发动那招威力巨大的地震攻击。给小约装备斗魂腰带，然后用魔眼，地震虫会主动靠拢我方，然后分为左右两群打，因为魔眼有AT delay的功能，这样被攻击的那群虫在没有发动地震之前就可以被全部消灭了，剩下的另外一群如法炮制，其余的队员就在魔眼miss的时候加大地之障就可以了。
一路装备“叶隐”跑就是了。有三个大型的隐藏任务， 注意这些任务都是在去过当地城市的协会支部后才能触发的。
卢安的王立学院事件：进入学院，会发生事件，然后打退敌人，现在这些敌人对于我方而言非常简单了。注意它们的一击必杀攻击就可以。然后控制小约打探情报，到每一个有『！』的窗口下调查，然后把通向旧校舍的门打开就可以了。这时四位前辈游击士出现，可以让亚妮拉丝和克鲁茨加入的唯一机会，可以看看克鲁茨的s战技『雷神招来』了，然后冲入，每一栋楼一个战斗，然后确认人员名单。完成后顺着尖叫声冲向旧校舍，进入旧校舍后一场和基尔巴特秘书的简单战斗（基尔巴特秘书有一招磕头很搞笑）之后任务结束（从中可以得知结社在利贝尔的任务只是冰山一角罢了）
柏斯的温泉水泵修理：此任务要带提妲一起~到温泉和マオ婆婆对话两次可以得知水泵要修理，所需的材料还是fc中修理水泵那两种。然后先到工房地下车间和工人对话，得知油在卢安，然后跑回卢安，在码头和fc中那个掉钥匙的大叔对话可以得到油。然后回来，到飞艇坪和整备长对话，得知内燃机运送去了雷斯顿要塞，到游击士协会里面去和雾香对话，选择联络レイストン要塞，却得知运送往要塞的内燃机和军备艇一起降落在トラット平原道了，去前往要塞那边的平原道，和军备艇旁边的军官对话，可以得到内燃机。两样齐备后回到温泉的水泵小屋就可以完成任务了。
洛连特的矿山退魔兽：洛连特的玛鲁加矿山因为导力停止而困住了矿工们，进入矿山后和导力梯前面的工人对话后调查导力梯，下降到地底，这里要救出几个工人，战斗都不难，是一些小螃蟹。最后前往魔兽的巢穴，就是有弄雾的地方去救游击士，这时会出现一个巨型机甲螃蟹，非常强悍，注意它的属性攻击，它发动特殊攻击时一定要给我方加大地之墙，不让杠不住。战斗胜利后得到琥耀珠（防御5）
所有的协会都安置好零式导力器后，前往王都，一口气冲向女王宫，简单的两场战斗后本章结束。
终章 空之轨迹
终于到了要结束的时候了，埃尔塞尤号飞向了空之都市，在这里迎来了最后的时刻。探索空之都市开始，空之都市可以调查的范围分为四个区域：西カルマーレ（就是最开始的瀑布花园，埃尔塞尤号所在的地点）；第３５クレイドル（第二个到达的区域，属于居住区）；第７ファクトリア（工业区）；中枢塔。
每一个终端设备的选项如下：アクシスピラーのご案内（这是用来介绍终端的用处的）
レールハイロゥのご利用（这是用来启动空中缆车的）
オラインショップ（online shop，可以升级结晶回路和买到等级3的耀珠）
ゲートのロック解除（解除地下通道的门锁）
サービスを中止する（停止服务）
首先前往西カルマーレ上空的终端设备，选择『レールハイロゥのご利用』后缆车来了，可是前去却发现不能用，只有另外想别的办法，然后就选择『ゲートのロック解除』可以看到下面的门锁变蓝了，进入之后，很简单的迷宫，基本上是单线加小分支的宝箱。
出来之后就来到了第３５クレイドル居住区，在这里的2号区域可以看到山猫号和受困的乔丝特，带上乔丝特，到山猫号旁边那间大房子里面，调查中间的设备，会出现三个选项，选择第二个『ゴスペルの再発行申請』然后带上公主，选择『クローゼ』——『セレスト』——『Ｄ』——『アウスレーゼ』就可以得到『オリジナル·ゴスベル』，在终端使用它就可以打开地下通道的门了，同时可以选择『レールハイロゥのご利用』把光缆车叫来在埃尔塞尤号之间来回了。
解锁之后通过地下通道来到『第７ファクトリア（工业区）』在工业区可以看到结社的『红色方舟』，带着乔丝特才能进入，进入之后把以前没有拿到的宝箱拿到（有宝箱的门的颜色是暗红色的），先到后部右边第二间的监禁室，得知要识别卡，然后从甲板来到前部，在当初艾丝蒂尔被关押的区域可以找到识别卡，回来的时候会与基尔巴特秘书战斗，轻松取胜。
解救了空贼们之后到山猫号上和吉尔对话，可以得到密码『ORPHEUS』（前提是先到工业区的终端调查了『ゲートのロック解除』这个选项，会出现需要密码密码）。就可以调查工业区上方的终端，然后选择密码『ORPHEUS』开启了通向中枢塔的地下通道了。最后从地下通道来到中枢塔。
中枢塔一共七层，都是很简单的迷宫。第二层到第五层就是和那几个执行者战斗，这下这些执行者都用全力了，注意多多小心。科洛丝降低防御和攻击的招数对他们没用。只有加我方的速度和攻击力了。二层怪盗，三层瘦狼，四层幻惑之铃，小心她的分身，在她分身之后千万不要用全体攻击的战技，不然只会打到自己。五层玲和大型机器，先灭小兵，把玲打得只有一点血之后开始打机器人，注意机器人的攻击很强劲，还会以10000血的方式复活玲，玲会一击必杀攻击。六层对剑帝，他的必杀带有冰冻效果，不过已经不强了。
剑帝之后是三人对战前作最终boss加强版，可以用公主给它降攻降防，然后就简单了。
最后迎战教授和教授变身和变身再变身。教授会一招把人打没了，然后过一段时间又会出现，只是EP值变成零。变身之战很简单，变身的变身会有属性变化，注意根据它的属性来用魔法攻击，它还有一招地下黑圈，注意移开，掉到地下去人物就消失了。
最终战斗还是很简单的，关键就是时间问题，战斗结束后迎来了大结局，然而……
命运的齿轮才刚刚开始转动，而一旦开始了转动，不到一切结束的时刻是不会中止的。在别的某个地方，由命运选中的人们将继续这个故事……
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